学科水平是高校办学水平和综合实力的最主要体现，学科竞争是大学竞争的基石，学科建设是构筑高等学校核心竞争能力的必由之路。学科建设工作是学校各项事业发展的“龙头”，也是关系大学发展全局的一项长周期活动。中国科学技术大学历来十分重视学科建设工作，经过40多年发展，学校已经形成比较完备的研究生培养学科体系。特别是近年来学科建设围绕国际科学发展前沿，坚持服务国家重大需求及区域经济、按需发展、优化布局的原则，贯彻教学和科研并重、科学与技术结合的指导思想，积极推进“新医学”“新工科”“新文科”建设,大力发展新兴学科。学校以建设一批世界一流学科为目标，以基础前沿学科为抓手，发挥其先锋引领作用，率先进入国际前列，以此带动学校整体学科水平的提升，实现工程技术学科跨越式发展、新兴交叉学科的深度融合以及管理人文学科建设的内涵拓展。

   目前学校现有28个一级学科博士学位授权点，7个一级学科硕士学位授权点，15个专业学位授权点。在国家公布的“双一流”建设名单中，学校入选一流大学建设高校（A类），数学、物理学、化学、天文学、地球物理学、生物学、科学技术史、材料科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、安全科学与工程共11个学科入选一流建设学科。学校有8个一级学科国家重点学科、4个独立的二级学科国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、18个安徽省一级重点学科。一级学科国家重点学科数列全国高校第6；理学博士点国家重点学科覆盖率达到100%，工学博士点国家重点学科覆盖率达到40%。

   在教育部学位与研究生教育发展中心公布的2016年第四轮全国一级学科整体水平评估排名中，学校15个学科被评为A类学科，其中物理学、化学、天文学、地球物理学、科学技术史、安全科学与工程、核科学与技术共7个学科被评为A+，A+学科数名列全国高校第五；数学、生物学、统计学、材料科学与工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、软件工程、管理科学与工程共8个学科被评为A或A- 。“数理化天地生”6个理学基础学科全部获评A及以上。

   在学科国际排名方面，根据ESI（美国科学信息研究所“基本科学指标”数据库）数据（2019年5月）的统计分析，学校有13个学科（数学、物理学、化学、地球科学、生物学与生物化学、材料科学、工程学、计算机科学、临床医学、环境与生态学、社会科学总论、植物学与动物学、分子生物学与遗传学）进入国际前1%，其中物理学、化学、材料科学、工程学进入国际前1‰，在国内高校中位于前列。同时学校在量子信息、单分子科学、纳米材料、极地环境、类脑智能、未来网络等交叉学科前沿领域取得了一些重大原创性成果，在国际学术界产生了重要影响。