1966 - 1976
1966年5月16日，中共中央通过了“五·一六通知”，标志着“文化大革命”的开始。在康生及其妻曹轶欧的策划下，哲学系聂元梓等于5月25日贴出了题为《宋硕、陆平、彭珮云在文化革命中究竟干些什么？》的大字报，诬陷、攻击北京大学党委和北京市委。6月1日，中央人民广播电台根据毛泽东主席的批示，全文播发了这张大字报。当晚，华北局派驻北京大学工作组进校。6月4日晨，新改组的北京市委负责人到北大宣布：撤销北大党委书记陆平、副书记彭珮云的一切职务，并对北大党委进行改组，由工作组代行党委职权。7月26日，在北大召开的万人“辩论”大会上，北京市委宣布撤销驻北大工作组，江青点名要聂元梓筹组北京大学文化革命委员会。9月11日，以聂元梓为主任的北京大学文化革命委员会（简称“校文革”）成立。校文革成立后，北大出现了许多造反派组织，并逐渐形成了严重对立的两大派，日趋激烈的派性斗争一度发展成大规模的武斗，校园一片混乱，学校财产遭到严重破坏。1968年9月18日，首都工人解放军毛泽东思想宣传队492人进驻北大，校系两级均由“工军宣队”领导。1969年9月27日，北京大学革命委员会成立，杨德中任主任。1971年5月，北大召开了中共第六次党代会，杨德中任党委书记。1972年2月，中共北京市委通知，王连龙任北大党委书记和校革委会主任。
“文化大革命”的十年，北京大学是重灾区。北大曾被加上“反党反社会主义的顽固堡垒”等各种莫须有的罪名，大批干部和教师被打成“黑帮分子”、“走资派”、“反动学术权威”，受到残酷迫害。这期间，被抄家的有400多户，冤假错案1000余宗，包括著名学者饶毓泰、翦伯赞、俞大絪在内的60余人非正常死亡。1968年“清理阶级队伍”，全校大部分教职工被强令集中食宿，失去行动自由。1969年，几千名教师被下放到血吸虫疫区江西鲤鱼洲农场进行劳动改造，接受再教育。“文化大革命”中，“四人帮”鼓吹“读书无用论”，北大同全国一样被迫停课，停止招生达4年之久，在人才培养方面造成了无可挽回的巨大损失。
到1970年，“文化大革命”前入学的在校生已全部毕业。当年6月27日，中共中央批转《北京大学、清华大学关于招生（试点）的请示报告》，报告规定高等学校招生废除考试制度，“实行群众推荐、领导批准、学校复审相结合的办法”，主要从工人、农民、解放军中招收“工农兵学员”。自1970年至1976年，北大共招收了7届工农兵学员12700多人。由于学员入学时的文化程度差别悬殊，教学工作面临极大的困难。为了适应这种情况，教师们在教学方法、方式以及内容方面都作了许多新的尝试，以使学生学到更多的科学文化知识。在师生的共同努力下，工农兵学员的文化水平都在原有的基础上有了较大提高，许多人毕业后成为新时期国家建设的骨干力量。
“文化大革命”初期，北京大学的科学研究基本停顿。从1970开始，某些应用项目的研究逐步恢复进行，但是基础科学的研究仍被视为禁区。对此，周恩来总理曾在1972年7月14日接见美籍中国科学家代表团时，对在座的周培源说：“你回去把北大理科办好，把基础理论水平提高，这是我交给你的任务，有什么障碍就把它拔掉。”周总理的指示，使热爱科学和教育事业的教师受到鼓舞，积极酝酿把遭到严重破坏的基础理论研究开展起来。为贯彻周总理指示，10月6日，周培源在《光明日报》上发表《对综合大学理科教育革命的一些看法》的文章，强调“对基本理论的教学研究应予足够的重视”。该文发表后，张春桥、姚文元指示上海《文汇报》连续发表文章，进行讨伐。1973年底“四人帮”又发动“反右倾回潮”运动，把矛头直指周总理，使初步恢复的工作再次受到挫折。尽管如此，忠诚于人民教育事业的广大教职员工，在极端困难的条件下，仍然努力工作，在某些研究领域取得了一些成绩：生物学系、化学系与中国科学院兄弟单位合作，使猪胰岛素晶体结构的测定成果达到了世界先进水平；北大电子仪器厂与有关单位合作，1973年在北大研制成功中国第一台百万次集成电路电子计算机，并很快投入到石油等部门使用；电子仪器厂半导体车间（微电子研究所前身）研制成功中国第一块硅栅P沟道和N沟道MOS1024位随机存储器；无线电系研究的钕原子钟达到当时的世界先进水平；地球物理学系与兄弟单位合作在未名湖畔建立了中国第一个卫星云图接收站，并培训了116名中国最早的卫星云图的接收和分析骨干；地质地理学系20多名师生参加了对西藏地热资源的考察，为西藏经济发展和地球科学的研究作出了重要贡献。以上研究成果均获得了1978年全国科学大会奖。1975年，北京大学启用新图书馆，新馆不仅是北大历史上规模最大的馆舍，也是当时国内建筑面积最大、设备条件最好、藏书最丰富的大学图书馆。
1969年10月，北大在陕西汉中建立分校。分校设有无线电系、技术物理学系、力学系等3个系，10个专业，师生员工1600余人。在极端困难的条件下，教职工艰苦奋斗，培养了6届工农兵学员，完成了20余项国家科技项目。1978年，经中央批准汉中分校迁回北京。
