国家工程技术研究中心是国家科技发展计划的重要组成部分，由国家科技部统筹规划建设。国家工程技术研究中心建设是在"创新、产业化"方针指引下，探索科技与经济结合的新途径，加强科技成果向生产力转化的中间环节，促进科技产业化；面向企业规模生产的需要，推动集成、配套的工程化成果向相关行业辐射、转移与扩散，促进新兴产业的崛起和传统产业的升级改造；促进科技体制改革，培养一流的工程技术人才，建设一流的工程化实验条件，形成我国科研开发、技术创新和产业化基地。截至2019年2月，我院共有国家工程技术研究中心20家。 
序号国家工程技术研究中心名称依托单位
1国家网络新媒体工程技术研究中心声学研究所
2国家生化工程技术研究中心过程工程研究所
3国家遥感应用工程技术研究中心遥感应用研究所
4国家并行机工程技术研究中心计算技术研究所
5国家高性能计算机工程技术研究中心计算技术研究所
6国家专用集成电路设计工程技术研究中心自动化研究所
7中国岩土工程研究中心武汉岩土力学研究所
8国家卫星定位系统工程技术研究中心测量与地球物理研究所
9国家淡水渔业工程技术研究中心 水生生物研究所
10国家金属腐蚀控制工程技术研究中心金属研究所
11国家真空仪器装置工程技术研究中心沈阳科学仪器中心
12国家催化工程技术研究中心大连化学物理研究所
13国家光栅制造与应用工程技术研究中心 长春光学精密机械与物理研究所
14国家节水灌溉工程技术研究中心水土保持与生态环境研究中心
15国家天然药物工程技术研究中心成都生物研究所
16国家光电子晶体材料工程研究中心福建物质结构研究所
17国家环境光学监测仪器中心 合肥物质院安光所 
18国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心新疆生态与地理研究所
19国家半导体泵浦激光工程技术研究中心 北京国科世纪激光技术有限公司、光电研究院
20国家海洋腐蚀防护工程技术研究中心海洋研究所