“鳗鲡现代产业技术教育部工程研究中心”于2009年7月经教育部批准立项建设，旨在依托我校省级重点学科—水产养殖学，开展鳗鱼现代产业工程化技术研发，提高鳗鱼产业的系统集成能力，加快科技成果转化和产业化，培养一支高水平的科技研发与成果转化队伍，不断增强自主创新能力，促进鳗鱼产业及其他主要水产养殖品种产业的健康可持续发展。2013年10月通过教育部验收，正式命名为“鳗鲡现代产业技术教育部工程研究中心”。现任工程中心主任为集美大学江兴龙教授，现任工程中心技术委员会主任为中国科学院水生生物研究所桂建芳院士。

      通过多年建设，工程中心现已建立了一支百余人的科技研发和成果转化队伍，拥有实验室和中试车间面积5429m2，主要仪器设备价值计2400多万元。已建成了具备较强研发能力的室内循环水养殖系统车间、渔药研制车间、生物制剂研制车间、病害防治生态室、水质检测室、饲料及添加剂研制车间和鳗鱼综合加工中试车间等。2013～2017年工程中心共承担“国家特色淡水鱼产业技术体系-鳗营养需求与饲料岗位专项”等纵横项项目422项，到账总经费1.3亿多元，人均科研经费159万元。成功研发了15项实用技术，并开展成果转化与产业化应用。科研成果获得省部级二等奖4项，三等奖7项，厦门市科技进步二等奖1项，三等奖2项；在国内外首创“池塘生物膜低碳养殖技术”，以低廉的成本有效降低了池塘养殖面源污染，实现了增产增收，该技术已被农业部列入我国水产养殖节能减排技术推荐目录；获得国际专利1项，国家专利授权55项；多项成果经鉴定，达国际或国内领先水平；在国内外学术刊物上，已发表相关研究论文100多篇。