本中心依照教育部工程研究中心建设与管理暂行办法，依托集美大学建设，事业编制，是与院系平行的二级机构；中心实行主任负责制，下设由相关领域国内知名专家、相关企业高管组成的技术委员会，负责审议工程中心的发展战略、研发计划、年度工作，提供技术经济咨询和市场信息等。技术委员会会议每年召开一次。
   中心实行项目合同制和人员聘任制。研发队伍由固定人员和客座流动人员组成。固定人员由工程中心主任在校内外聘任。客座流动人员由项目负责人根据工作需要和研发项目的实际情况聘任，经工程中心主任核准后作为流动编制，其相关费用在项目经费中支付。