机电控制及自动化系始建于1956年成立的精密仪器系，于1993年由电子精密机械专业和机械电子工程专业合并成立。该学科是国内最早建立的同类学科之一，是全国首批硕士点和博士点、博士后流动站和首批国家重点学科，也是“211工程”和“985工程”重点建设学科。
    机电控制及自动化系拥有一支结构合理、锐意进取的师资队伍，现有教职工30人，其中教授11人（博导11人），副教授11人，是机械电子工程本科专业的主要教学承担单位。培养既有扎实的机械工程基础知识、又掌握基于计算机信息处理和自动控制理论的机电系统集成技术，造就具有机械、电子、控制、计算机等跨学科多元知识结构、综合实践应用与创新能力相结合的复合型高级技术人才。
    自成立以来，本系在本科生和研究生教学及学生培养工作中发挥着重要作用，本科教学承担了多门专业基础及专业课程的教学工作任务，主要有专业基础课程、专业模块课程和专业强化训练课程共计40余门课程，开出专业强化实验项目7项，同时还承担了长春生产实习、哈尔滨认识实习、综合课程设计I与II、毕业设计等方面的教学工作。为机电控制领域培养了大批优秀人才。目前，本系每年培养本科毕业生90名左右，在校博士研究生近30名，硕士研究生80名左右。
    本系已成为我校科学研究和培养研究生的重要基地，承担着863项目、国家自然科学基金等多项纵向课题。近5年来，完成和正在进行的纵向科研项目44项，其中国家自然科学基金项目21项。出版专著4部，发表学术论文320余篇，其中SCI收录132篇，EI收录227篇，申请国家发明专利117项，取得授权专利 48项，获得国家科技进步奖二等奖1项，国防科技进步奖二等奖3项。
     在国际学术交流与合作方面，本系与世界各地本领域研究机构和高校开展了广泛的国际学术交流与合作，并派博士研究生到加州大学伯克利分校、美国普林斯顿大学、宾州州立大学等高校进行联合培养，在本领域研究机构中享有很高的国际声誉。