北京大学生物标本馆是我国第一个由中国学者主持建立的生物标本馆，其历史可追溯到清朝光绪33年（1907年）京师大学堂（北京大学的前身）建立博物实习科，培养动植物标本制作人材。现馆藏1908年采于北京通县的中华秋沙鸭（[Mergus squamatus]）等标本就是那个时期采集制作的。1917年，时任北京大学校长蔡元培先生聘任钟观光先生为北大博物部副教授。钟先生历时四载，走遍福建、广东、浙江、云南等十一省区，共采得生物标本一万五千多号。历经一个多世纪的变迁与积累，标本馆馆藏不断丰富。
2013年北京大学重修标本馆，面积近千平方米。一层为动物多样性展区，二层为植物标本及生物演化展示，地下一层为各类供教学和研究用标本的保存和收藏。目前馆藏六万多份采集自中国各地的各类动植物标本。此外，还藏有少量来自日本、朝鲜以及前苏联时期莫斯科大学交换或赠送的标本。