- 孙家鼐 (1898.07-1900.00)
- 许景澄 (1899.07-1900.07)
- 张百熙 (1902.01-1904.02)
- 张亨嘉 (1904.02-1906.02)
- 李家驹 (1906.02-1907.07)
- 朱益藩 (1907.07-1907.12)
- 刘廷琛 (1907.12-1910.09)
- 柯劭愍 (1910.09-1911.11)
- 劳乃宣 (1911.11-1912.02)
- 严 复 (1912.02-1912.10)
- 何燏时 (1912.12-1913.11)
- 胡仁源 (1913.11-1916.12)
- 蔡元培 (1916.12-1927.08)
- 蒋梦麟 (1930.12-1945.09)
- 胡 适 (1945.09-1948.12)
- 汤用彤 (1949.05-1951.09)
- 马寅初 (1951.06-1960.03)
- 陆 平 (1960.03-1966.06)
- 周培源 (1978.07-1981.03)
- 张龙翔 (1981.05-1984.03)
- 丁石孙 (1984.03-1989.08)
- 吴树青 (1989.08-1996.08)
- 陈佳洱 (1996.08-1999.11)
- 许智宏 (1999.11-2008.11)
- 周其凤 (2008.11-2013.03)
- 王恩哥 (2013.03-2015.02)
- 林建华 (2015.02-2018.10)
